Die folgenden knapp 90 Institutionen (Gedenkstätten, Bibliotheken, Archive und wissenschaftliche Einrichtungen) erhalten die ISHZ und in den meisten kann diese in der dortigen Bibliothek eingesehen bzw. ausgeliehen werden:
Standorte im Inland [Standorte Ausland]
Berlin
- Haus der Wannseekonferenz Mediothek
- Zentrum für Antisemitismusforschung (Bibliothek), TU Berlin
- Stiftung Topographie des Terrors
- Stiftung Neue Synagoge Berlin, Centrum Judaicum
- Stiftung Archiv d. Parteien u. Massenorganisationen der DDR im Bundesarchiv
Bonn
- Friedrich-Ebert-Stiftung, (Archiv d. Sozialen Demokratie)
- Bundeszentrale für Politische Bildung
- Gegen Vergessen - Für Demokratie
Bredstedt
Nordfriisk Instituut
Bremen
- Archiv der sozialen Bewegungen
Bremervörde
- Dokumentations- und Gedenkstätte Sandbostel
Büren-Wewelsburg
- Kreismuseum Wewelsburg
Celle
- Stiftung niedersächsischer Gedenkstätten
Dachau
- KZ - Gedenkstätte Dachau
Elmshorn
- Industriemuseum Elmshorn
Eutin
- Arbeitskreis 27. Januar
Flensburg
- Zentrale Hochschulbibliothek
- Stadtarchiv Flensburg
- Landeszentralbibliothek Schleswig Holstein
- Dansk Centralbibliotek for Sydslesvig e.V.
Frankfurt am Main
- Die Deutsche Bibliothek
- Fritz Bauer Institut
Freiburg/Breisgau
- Bundesarchiv/Militärarchiv
Friedrichstadt
- Stadtarchiv Friedrichstadt
Fürstenberg
- Mahn- und Gedenkstätte Ravensbrück
Göttingen
- Geschichtswerkstatt Göttingen
Guxhagen
- Gedenkstätte Breitenau
Hambergen
- Arbeitskreis Muna Lübberstedt
Hamburg
- Stadtteilarchiv Ottensen
- Galerie Morgenland
- Hamburger Institut für Sozialforschung
- Forschungsstelle für Zeitgeschichte
- Archiv der Sozialen Bewegungen
- Institut für die Geschichte der deutschen Juden
- Staatsarchiv Hamburg
- Hamburger Arbeitsstelle für Exilliteratur
- KZ Gedenkstätte Neuengamme
- Pädagogisch-Theologisches Institut derr Nordelbischen Kirche
- Gesellschaft für christlich-jüdische Zusammenarbeit
Hannover
- Niedersächsisches Kultusministerium
- Niedersächisches Hauptstaatsarchiv
Heide
- Stadtarchiv Heide
Husum
- Kreisarchiv Nordfriesland
Kiel
- Stadtarchiv Kiel
- Institut für die Geschichte der Medizin (Universität Kiel)
- Schleswig-Holsteinische Landesbibliothek
- Universitätsbibliothek Kiel
- Historisches Seminar der Universität Kie
- Nordelbische ev.-luth. Kirche, Nordelbisches Kirchenamt - Archiv
- NDR Landesfunkhaus Schleswig-Holstein, Schallarchiv
Köln
- Germania Judaica
- NS – Dokumentationszentrum
Ladelund
- KZ - Gedenkstätte Ladelund
Lübeck
- Stadtarchiv Lübeck
Meldorf
- Dithmarscher Landesmuseum
München
- Institut für Zeitgeschichte
- AHF - AG außeruniversitärer historischer Forschungseinrichtungen
Norderstedt
Info Archiv Norderstedt, Infoladen u. Archiv f. Soziale Bewegungen
Oranienburg
Gedenkstätte und Museum Sachsenhausen
Papenburg
Dokumentations- und Informationszentrum Emslandlager
Ratzeburg
Kreisarchiv Herzogtum Lauenburg, Stadtarchiv Ratzeburg
Rehhorst
- Gruppe 33 - AK zur Zeitgeschichte
Rendsburg
- Jüdisches Museum Rendsburg
Rostock
- Geschichtswerkstatt Rostock e.V.
- Schleswig
- Institut für schleswig-holsteinische Zeit- und Regionalgeschichte
- Landesarchiv Schleswig-Holstein
- Kulturstiftung Schleswig-Flensburg, Kreisarchiv Schleswig-Flensburg
Stuttgart
- Württembergische Landesbibliothek
Wedel
- Stadtarchiv Wedel
Weimar-Buchenwald
- Gedenkstätte Buchenwald
Standorte im Ausland
KANADA
- Halifax, Nova Scotia: Dalhousie University, Killam Library Serials Unit
DÄNEMARK
- Kopenhagen, Arbejderbevaegelsens Bibliotek og ArchivENGLAND
- Exeter, University of Exeter, The University LibraryLondon, German Historical Institute London
FRANKREICH
- Paris, Deutsches Historisches Institut Paris
- ISRAEL
- Jerusalem, YAD VASHEM
- Ramat - Gan Bar - Ilan – Universität, Josef Carlebach Institut
- Tel Aviv, Beth Hatefutsoth (The Nahum Goldmann Museum of the Jewish Diaspora)
ÖSTERREICH
- Wien, Institut für ZeitgeschichteWien, Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstands
POLEN
- Oswiecim, Panstwowe Muzeum Oswiecim BrzeSztutowo, Panstwowe Muzeum Stutthof
SCHWEIZ
- Winterthur, Dokumentationsarchiv
USA
- New York, Leo Baeck Institute